为统筹做好2008年北京奥运会场馆及配套设施建设的综合组织和协调工作，2003年9月经市委、市政府批准成立了北京市奥运场馆建设指挥部及其办公室，并于2004年10月更名为北京市人民政府“2008”工程建设指挥部及其办公室，圆满完成了奥运工程建设任务，为奥运会残奥会成功举办提供了有力支撑。2008年9月北京市人民政府“2008”工程建设指挥部办公室被党中央、国务院授予“北京奥运会、残奥会先进集体”荣誉称号。
    奥运会结束后，市编委于2009年1月下发《关于北京市人民政府“2008”工程建设指挥部及办公室更名等有关事项的批复》(京编委〔2009〕1号)，将北京市人民政府“2008”工程建设指挥部及其办公室更名为北京市重大项目建设指挥部及其办公室。
    2009年9月，市政府办公厅印发了　《北京市重大项目建设指挥部办公室主要职责内设机构和人员编制规定》(京政办发〔2009〕93号)，进一步明确了北京市重大项目建设指挥部办公室(正局级，简称市重大项目办)的主要职责、内设机构和人员编制等事项。 

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